Her şeye rağmen toz boyanın bazı sınırlı dezavantajları da mevcuttur ve bunlar arasında şunlar sayılabilir:

İnce film elde etmek zordur – Toz boyalarda ince film (25µ) elde etmek yaş boyalara göre daha zordur. Ancak, toz boyanın uygulama maliyetine topluca bakıldığında, film kalın da olsa toz boya uygulamak çoğu zaman daha ekonomik olmaktadır.

Renk değişimi daha yavaştır – Sıvı boyalarda renk değişimi daha hızlı yapılabilir. Ancak toz boya uygulama ve temizleme ekipmanlarında son yıllarda meydana gelen gelişmeler, renk değişim süresini oldukça kısaltmıştır.

Toz boyalar karıştırılamaz – Toz boyalar değişik renkler elde etmek için karıştırılamazlar. Ancak sanayide kullananlar zaten istedikleri renge ayarlanmış toz boyalar kullandıklarından, bu durumun çok hayati olmadığı değerlendirilmektedir.Toz boyalar günümüzde endüstriyel olarak akışkan yatak  ya da elektrostatik püskürtme ile uygulanmaktadır